Cirujano Mexicano, con estudios de pregrado en la Universidad Nacional Autónoma de México, Facultad de Medicina CU, recibiéndose con Mención Honorífica en 1996. 
Se especializó en Cirugía General y Gastroenterología con el programa de posgrado de la Universidad Nacional Autónoma de México en el American British Cowdray Medical Center, centro hospitalario líder en México. Fue becario de la Cátedra Carlos Peralta, bajo la tutoría de los Drs. Jorge Cervantes Castro, Guillermo Rojas Reyna y Alberto Chousleb Kalach, egresando en el 2001.
Con el apoyo de la Federación Latinoamericana de Cirugía, pudo realizar estancias en las ciudades de Cali, Colombia y Denver, E.E.U.U donde se subespecializó en Cirugía del Cuidado Agudo, rama quirúrgica de vanguardia de la que aún no existen cursos de subespecialización en nuestro país. Así mismo es diplomado en Laparoscopia Avanzada certificado por Baylor College of Medicine y New York University, E.E. U.U. Es Fellow del American College of Surgeons, operando con los más altos estándares éticos y científicos que el Colegio Americano de Cirujanos exige.
De regreso a México, ha dedicado gran parte de su actividad profesional a la enseñanza e investigación en la Facultad de Medicina de la Universidad Nacional Autónoma de México, de donde es Catedrático en el Departamento de Anatomía. 
Se dedica a la práctica quirúrgica privada en el Grupo Angeles atendiendo en su consultorio ubicado dentro del Hospital Angeles Mocel, en la Colonia San Miguel Chapultepec, Ciudad de México. 
El Dr. Joaquín E. Guarneros pertenece a una nueva generación de Cirujanos Mexicanos experto tanto en procedimientos laparoscópicos avanzados, así como en el cuidado del el paciente quirúrgico politraumatizado y del estado crítico.